佛教在印度的确是在密教的盛行之后灭亡的，所以，称密教为印度的晚期大乘佛教。但也不能说密教盛行，佛教必亡；西藏密教流传，虽有兴衰，也延续了下来。
密咒本来是婆罗门教四种吠陀之一的乾达婆吠陀的主要内容，后来与性力崇拜的信仰和修法结合，成为印度教的主要实践方法。并以《奥义书》的哲学理论为上层的建构，最后吸收佛教的中观派的思想及其思辨方法，而发挥、建立了新的印度教理论基础。也可以说，他们集婆罗门教和佛教之大成，而形成统一的印度宗教哲学型范；理论采婆罗门教及佛教的最高原则，实践采用咒术、禅定以及修身、健身等方法。
反观佛教，在思想方面，到中观派出现时已经发展到饱和点；实践方面，到瑜伽唯识学出现时，也发展到饱和点，渐渐又偏重于理论，而偏轻于实际修法层次的指导，加上人才的凋零和教团的没落，已经无法与印度教的势力相拮抗。所以，一般大众纷纷偏向于印度教而脱离佛教，特别经过几次佛教与印度教的大辩论以后，佛教僧侣更是几百几百地皈向印度教。
佛教界的有心之士，为了寻求生路，便吸取印度教的特长，为佛教所用，而形成了中观派瑜伽行的晚期大乘的特色──就是无上瑜伽密教的完成，它采取了印度教的修法，以佛教的观点加以说明和疏导，有其实际的效果和长处，是为印度传到西藏的大乘佛教原型。
由于密教和印度教界限的混同和类似，便注定了佛教在印度可有可无的命运。直到今天的印度教徒，还说：佛教已被印度教接收到融于印度教内，释迦世尊是他们梵天的第七个化身。佛教的名目，虽在印度灭亡，佛教的部分内容仍活生生地存于印度教之内，有没有佛教的名目，实无两样。可是，印度教是有神论的，佛教是无神论的，虽然彼此混淆，根本教义，仍大不相同，因此，真正的佛教在印度其实已经灭亡了。
佛教在印度的灭亡，并不完全是由于密教的盛行，回教徒的入侵，也是主要的原因。在西元第十世纪后半期开始，回教徒从印度的西北攻进印度，所到之处，必将原有的佛寺焚毁，所有的佛教徒赶尽杀绝，僧侣幸存者则纷纷逃亡。到了十一世纪和十九世纪之末，回教在印度成立了王朝，佛教徒不改宗回教，便进入了印度教，因此，佛教便遭到了彻底灭亡的命运。
佛教在印度固然是于密教盛行时代灭亡的，但是信奉密教并不一定就会使佛教灭亡。所以，传入西藏以后的大乘密教，从西元第八世纪直到现在，还是屹立不动。
不过在中国由于已有儒道两流的文化背景，民情风俗有异于西藏，所以，密教虽早在西元第八世纪的唐玄宗时代，有金刚智、善无畏、不空三位大翻译师，译出了大量的密教经典，可是密教并未在中国持续地受到欢迎，反而传到日本成为一宗，并传承至今。
后来到元朝，蒙古人入主中原，再度把西藏的密教，带入汉地，那也只是流行于蒙古民族及与蒙古人相关的少数人士之间，并没有受到汉民族的普遍信奉。至于民初以来，密教也曾一度抬头；但由于传授密教的人，良窳不等、龙蛇混杂，而且动不动就以神鬼技俩自称为上师的人蚁行蜂起，所以，还是没有深入中国文化的基层。目前的藏密再度在世界各地流传，在华人社会也产生相当大的影响，我们宜正视其所长，勿学其所短。
如果，以正统的西藏式的佛教僧侣教育，经过长时间的薰陶、训练而成的人才来传播，一如宗喀巴大师的《菩提道次第论》、《密宗道次第论》以及《现观庄严论金鬘疏》等做为依据而弘扬密法，应该和显教无异，不会有什么遭致灭亡后果的原因。如果仅仅以摇铃、挥杵、吹号、击鼓、咒术、加持等来求财、赶鬼、长生、消灾、免难，和似是而非的即身成佛、双身双修等的谬论及符咒术数等的行法，做为推广密教的号召，并且仅止于此，那就真是佛教的大不幸，假如就是这样的密教兴盛，佛教焉有不亡之理！